Une truite arc-en-ciel respire en prenant de l'oxygène à travers ses branchies. Les branchies sont des structures spécialisées situées sur les côtés de la tête et sont utilisées pour la respiration. Chaque branchie se compose d'une série de filaments minces et plumes appelés filaments branchies, qui sont recouverts de minuscules vaisseaux sanguins. L'eau est attirée dans la bouche et sur les branchies, et l'oxygène dans l'eau est absorbé par les vaisseaux sanguins dans les filaments de branchies. L'eau est ensuite expulsée à travers les fentes des branchies.
En plus d'absorber l'oxygène, les branchies aident également à excréter le dioxyde de carbone, qui est un déchet de respiration. Le dioxyde de carbone est libéré dans l'eau lorsque le sang circule à travers les filaments branchies.
Les branchies d'une truite arc-en-ciel sont très efficaces pour absorber l'oxygène de l'eau. En effet, les filaments branchies sont très minces, ce qui permet une grande surface pour l'absorption de l'oxygène. Les vaisseaux sanguins dans les filaments branchés sont également très proches de la surface des filaments, ce qui permet une diffusion rapide de l'oxygène dans le sang.