Les consommateurs primaires ne constituent pas toujours le premier niveau trophique d’un réseau alimentaire. Dans certains cas, comme dans les écosystèmes de sources hydrothermales profondes, la production primaire est soutenue par la chimiosynthèse plutôt que par la photosynthèse. Dans ces systèmes, les consommateurs primaires sont des organismes qui se nourrissent directement des bactéries chimiosynthétiques ou archées qui constituent la base du réseau trophique.