Bien que les branchies soient le principal organe pour respirer des poissons, il existe quelques autres façons d'obtenir de l'oxygène:
* respiration de la peau: Certains poissons, en particulier les plus petits, peuvent absorber l'oxygène directement à travers leur peau. Ceci est particulièrement important dans les environnements avec de faibles niveaux d'oxygène comme la boue ou l'eau stagnante.
* poumons: Les poissons-poumons sont un groupe de poissons qui ont évolué les poumons, leur permettant de respirer l'air en plus d'utiliser leurs branchies. Cette adaptation leur permet de survivre dans l'eau pauvre en oxygène ou même hors de l'eau pendant de courtes périodes.
* cavité buccale: Certains poissons utilisent leur cavité en bouche comme une sorte de "poumon" pour respirer l'air. Ils prennent l'air par la bouche puis le poussent sur leurs branchies pour absorber l'oxygène. Ceci est courant dans les espèces comme le poisson-chat qui marche et le poisson pulmonaire africain.
* intestin: Certaines espèces, comme la carpe commune, peuvent absorber un peu d'oxygène à travers leurs intestins.
* Organes de respiration accessoire: Certains poissons ont évolué des structures spécialisées qui les aident à respirer dans des environnements à faible teneur en oxygène. Par exemple, l'escalade de perche a modifié les branchies qui leur permettent de respirer l'air.
Il est important de noter que si ces méthodes peuvent compléter les branchies, elles ne sont pas aussi efficaces et ne peuvent pas remplacer complètement la fonction des branchies dans la plupart des poissons.