L'aigle philippin, comme tous les autres oiseaux, a des poumons comme leurs organes respiratoires / respiratoires. Leur processus de respiration consiste à échanger de l'oxygène et du dioxyde de carbone entre l'air atmosphérique riche en oxygène et la circulation sanguine de l'aigle. Les systèmes respiratoires des oiseaux sont très efficaces et adaptés à leur style de vie actif et à haute énergie et aux demandes de vol.