La plus grande vulnérabilité du pygarme à tête blanche est la défaillance de nidification, qui peut se produire pour diverses raisons, notamment des événements météorologiques extrêmes, la prédation par d'autres animaux, les maladies, les perturbations humaines et la contamination environnementale, en particulier par les métaux lourds, les plastiques, les pesticides et autres produits chimiques.