Oui, le Heron de nuit à couronne noire a des prédateurs. Il s'agit notamment de plus grands oiseaux de proies tels que des aigles, des faucons et des hiboux, ainsi que des mammifères tels que des ratons laveurs, des renards et des coyotes. Les œufs et les poussins de hérons nocturnes à couronne noire sont également vulnérables à la prédation par des serpents, des rats et d'autres petits animaux.