* Perte et dégradation de l'habitat : Les principales menaces qui pèsent sur le hibou des marais sont la perte et la dégradation de son habitat. À mesure que leurs habitats de prairies et de zones humides sont convertis à l’agriculture, au développement ou à d’autres usages, les hiboux des marais perdent leurs sites de nidification et leurs terrains de chasse.
* Pesticides et rodenticides : Les hiboux des marais peuvent être empoisonnés par les pesticides et les rodenticides utilisés pour lutter contre les ravageurs dans leurs habitats. Ces produits chimiques peuvent s'accumuler dans le corps des hiboux et causer divers problèmes de santé, notamment des problèmes de reproduction, des anomalies de développement et la mort.
* Chasse et persécution : Les hiboux des marais sont parfois chassés ou persécutés par les humains. Ils peuvent être considérés comme une menace pour le bétail ou le gibier à plumes, ou ils peuvent être tués simplement pour le sport.
* Changement climatique : Le changement climatique constitue également une menace pour le hibou des marais. À mesure que le climat se réchauffe, les habitats des chouettes peuvent devenir trop chauds et secs pour leur survie. De plus, le changement climatique entraîne un déplacement de l'aire de répartition de certaines espèces de proies des chouettes, ce qui pourrait rendre plus difficile pour les chouettes de trouver de la nourriture.