* noir: Il s'agit de la couleur du manteau la plus courante pour les chevaux Nokota.
* Brown: Il s'agit d'une couleur de manteau rare mais naturelle pour les chevaux Nokota.
* grullo: Il s'agit d'une variation du gène dun, ce qui fait que le cheval est une teinte de gris de souris avec des jambes brunâtres et une bande dorsale.
* dun: Il s'agit d'une couleur de manteau jaunâtre avec quelques marques primitives, comme une bande dorsale.
* baie: Il s'agit d'une couleur de manteau brun rougeâtre. Les chevaux de la baie de Nokota sont souvent appelés «bancs d'argile».
* Red Dun / Sorrel: Cette couleur de couche est une variation du gène dun qui fait que le cheval est une teinte de tan rougeâtre.
* roan: Cette couleur de manteau est en fait un mélange de poils colorés et de poils blancs, donnant l'apparence générale d'une couleur grise ou rougeâtre avec des notes de couleur de la couche de base.
* Smokey Black: Il s'agit d'une teinte plus foncée du gène dun qui fait que le cheval est un brun foncé ou un noir avec des pointes plus claires et fumées aux cheveux le long de la crinière et de la queue ainsi que des jambes et du ventre.