Les hippocampes ont de nombreux prédateurs, notamment le thon, l'espadon, les requins, les dauphins, les rayons, les phoques, les oiseaux, les crabes, les crevettes, les homards, les poulpes, le bar, le mérou, la barracuda, les pufflers, les poissons, les anguilles, la plie et la gelée. Ces prédateurs ciblent les hippocorses en raison de leur petite taille et de leur capacité limitée à se cacher ou à se défendre. Certaines espèces d'hippocaliers sont également fortement ciblées par le commerce illégal d'aquarium, qui menace encore leurs populations. Alors que les hippocampes habitent souvent les eaux côtières peu profondes à proximité du rivage, certaines espèces sont confrontées à des menaces supplémentaires du développement côtier conduisant à la destruction de l'habitat et à la perturbation des chaînes alimentaires essentielles sur lesquelles ils comptent. Les efforts de conservation pour les hippocampes sont donc de plus en plus essentiels pour assurer leur survie.