Les hippopotames pygmées sont des animaux très sociaux et vivent en petits groupes familiaux de deux à cinq individus, mais parfois jusqu'à huit ou plus. Les mâles adultes ne sont pas territoriaux, mais ils établissent une hiérarchie de dominance. Les mâles utilisent leurs défenses et leurs canines pour lutter pour la domination et pour se défendre ainsi que leurs groupes familiaux. Les hippopotames pygmées sont pour la plupart nocturnes et passent leurs journées dans l'eau ou dans des terriers creusés sous les berges des rivières. Ils sortent la nuit pour se nourrir et brouter. Les hippopotames pygmées sont herbivores et leur régime alimentaire se compose principalement d'herbes, de feuilles, de fruits et d'écorce.