Les dauphins Boto se nourrissent principalement de poissons et de crustacés. Leur régime alimentaire typique comprend le poisson-chat, les sardines et autres petits poissons de scolarité. Ils vont aussi parfois après le calmar, les crevettes et d'autres invertébrés marins. Parfois, ils peuvent même manger des oiseaux aquatiques ou des petits animaux si l'opportunité se présente.