Les pingouins emperés se nourrissent principalement de poissons, de calmar et de krill.
Voici quelques espèces de poissons spécifiques que les pingouins empereurs sont connus pour manger:
- poisson argenté antarctique (Pleuragramma Antarctique)
- Lanternfish (Myctophidae)
- Pisfis de maquette (Champsocephalus Gunnari)
- Blue Grenadier (Macruronus Novaezelandaiae)
- Piscus de dents de Patagonie (Dissostichus eleginoides)
- calmar (Gonatus spp.)
- Krill (Euphausia Superba)