Il n’est pas du tout recommandé d’utiliser un nettoyant à base d’algues. Si le réservoir est nettoyé régulièrement et qu'il contient peu de taches d'algues, un nettoyage manuel des taches avec une brosse à dents ou un grattoir à algues est un moyen efficace d'éliminer les taches. Si le réservoir présente de nombreuses taches d'algues en raison de la rareté des nettoyages, envisagez d'augmenter la fréquence de nettoyage du réservoir.
Les nettoyants à base d'algues peuvent être nocifs pour les poissons et les autres habitants de l'aquarium, ainsi que pour les bactéries bénéfiques qui vivent dans le filtre. Si les algues deviennent un problème, il est préférable d'essayer de les éliminer en réduisant la quantité de lumière que le réservoir reçoit, en augmentant la circulation de l'eau et/ou en ajoutant des poissons ou des invertébrés mangeurs d'algues.