Les principales espèces de baleines ciblées par les baleiniers japonais sont:
- Minke Whales (Balaenoptera Acutorostrata)
- SEI Whales (Balaenoptera Borealis)
- Bryde's Whales (Balaenoptera Brydei)
- baleines à nageoires (Balaenoptera Physalus)
Les espèces chassées moins souvent incluent:
- Baleines droites du Pacifique Nord (Eubalaena japonica)
- spermatozoïdes (Physter Macrocephalus)