Le diagnostic différentiel du sérotype *Salmonella enterica* Typhi (Salmonella Typhi) comprend les éléments suivants :
- Autres salmonelloses (par exemple, *S. Paratyphi A, B ou C* ; *S. Enteritidis*)
- Shigellose (causée par l'espèce *Shigella*)
- Campylobactériose (causée par l'espèce *Campylobacter*)
- Yersiniose (causée par l'espèce *Yersinia*)
- Infection à Escherichia coli (E. coli)
- Autres gastro-entérites bactériennes (par ex. *Vibrio cholerae*, *Clostridium difficile*, *Plesiomonas shigelloides*)
- Gastro-entérite virale (par ex. rotavirus, norovirus, adénovirus)
- Amibiase (causée par *Entamoeba histolytica*)
- Giardiase (causée par l'espèce *Giardia*)
- Cryptosporidiose (causée par l'espèce *Cryptosporidium*)
- Cyclosporose (causée par l'espèce *Cyclospora*)
- Isosporose (causée par l'espèce *Isospora*)
- Microsporidiose (causée par les espèces *Microsporidia*)
- Trichinellose (causée par l'espèce *Trichinella*)
- Paludisme (causé par l'espèce *Plasmodium*)
- Fièvre dengue (causée par le virus de la dengue)
- Leptospirose (causée par l'espèce *Leptospira*)
- Infections à rickettsies (p. ex. typhus, fièvre pourprée des montagnes Rocheuses)