Les guppys respirent à travers leurs branchies, qui sont situées des deux côtés de leur tête. Les branchies sont des organes spécialisés qui extraient de l'oxygène de l'eau. Lorsque les guppys respirent, ils prennent de l'eau dans la bouche et la passent sur leurs branchies. L'oxygène dans l'eau est absorbé par les branchies et transporté dans tout le corps du Guppy. Le Guppy expulse ensuite l'eau à travers ses fentes branchiales. Les guppys ont également un organe labyrinthe, qui est un organe spécialisé qui leur permet de respirer l'air. L'organe de labyrinthe est situé au-dessus des branchies et se compose d'une série de chambres bordées de tissus minces et échangés du gaz. Lorsque les guppys remontent à la surface de l'eau, ils prennent l'air dans leur bouche et le stockent dans l'organe de labyrinthe. L'oxygène dans l'air est absorbé par l'organe de labyrinthe et transporté dans tout le corps du Guppy. Les guppys utilisent leur organe de labyrinthe pour respirer l'air lorsque l'eau dans laquelle ils se trouvent est faible en oxygène, comme dans les étangs ou les flaques stagnants.