Les mouches respirent à travers un système de minuscules trous, appelés stigmates, situés sur les côtés de leur corps. L'air pénètre dans les stigmates et voyage à travers un réseau de petits tubes, appelés trachées, qui se ramifient vers diverses parties du corps. L'oxygène se diffuse depuis la trachée vers les tissus de la mouche, tandis que le dioxyde de carbone se diffuse.
Ce système respiratoire est appelé système trachéal ouvert et il est courant chez les insectes.
Les stigmates peuvent être ouverts et fermés, ce qui permet à la mouche de contrôler le flux d'air entrant et sortant du corps.
Ceci est important pour maintenir un bon équilibre en oxygène et pour prévenir la perte d’eau.
Les mouches ont un taux métabolique élevé et ont besoin de beaucoup d’oxygène pour répondre à leurs besoins énergétiques. Le système trachéal ouvert leur permet de respirer efficacement et de maintenir un niveau d'activité élevé.