Le cerf de Virginie habite généralement divers habitats tels que les forêts, les arbustes et les champs ouverts, mais il ne réside généralement pas dans les zones humides. Bien qu’ils puissent occasionnellement s’aventurer dans les zones humides à la recherche de nourriture ou d’eau, les zones humides ne sont pas considérées comme leur habitat principal ni comme une composante essentielle de leur aire de répartition. Le cerf de Virginie préfère les environnements terrestres plus secs pour s'abriter, se nourrir et se déplacer. Cependant, certaines sous-espèces de cerf de Virginie, comme le cerf des Keys que l'on trouve dans les Keys de Floride, se sont adaptées à l'écosystème unique des zones humides et prospèrent dans les habitats de mangrove.