Les pygargues à tête blanche, comme tous les autres organismes vivants, subissent le processus de vie de l'excrétion pour empêcher l'accumulation de déchets métaboliques dans leur corps. L'excrétion est le processus biologique par lequel les déchets métaboliques sont éliminés du corps.
Dans les pygargues à tête blanche, les principaux organes excrétoires sont les reins. Les reins jouent un rôle essentiel dans le filtrage des substances déchetaires, telles que l'urée et la créatinine, de la circulation sanguine. Ces déchets sont ensuite transportés vers le cloaca, qui est une chambre commune pour les systèmes digestifs, urinaires et reproductifs. De la cloaca, les déchets sont éliminés du corps sous forme d'urine.
En plus des reins, le foie joue également un rôle important dans la détoxification et l'élimination des déchets métaboliques chez les pygargues à tête blanche. Le foie convertit les substances toxiques en formes moins nocives, qui peuvent ensuite être excrétées plus efficacement. Le foie joue également un rôle dans la production de la bile, ce qui aide à digérer les graisses et à éliminer les déchets à travers les excréments.