Les principaux ennemis du pygargue pêcheur sont d’autres oiseaux de proie, comme les faucons, et parfois les humains. Cependant, en raison de sa taille et de son agilité, le pygargue pêcheur est généralement bien équipé pour défendre son territoire contre ces menaces. De plus, comme beaucoup d'autres oiseaux de proie, les aigles pêcheurs possèdent une vue perçante et sont adaptés à la chasse plutôt qu'à la défense ou aux comportements territoriaux agressifs, aidant ainsi à garder leurs adversaires sous contrôle.