Les hiboux pygmées sont de petits oiseaux de proies qui pèsent généralement entre 50 et 150 grammes. En conséquence, ils ont un appétit relativement petit et leur apport alimentaire quotidien représente généralement environ 10% de leur poids corporel. Cela signifie qu'un hibou pygmée pesant 100 grammes consommerait généralement environ 10 grammes de nourriture par jour.
Les hiboux pygmées mangent généralement une variété de petits animaux, y compris des insectes, de petits rongeurs et des oiseaux. Ce sont des prédateurs opportunistes et mangeront la proie disponible.
Les insectes constituent une grande partie du régime de la chouette pygmée. Ils mangent une variété d'insectes, y compris les coléoptères, les papillons de nuit, les grillons et les sauterelles. Les chouettes pygmées mangent également de petits rongeurs, comme les campagnols, les souris et les musaraignes.
Parfois, les hiboux pygmées mangent de petits oiseaux. Ils cibleront généralement les petits oiseaux passénés, tels que les moineaux, les pinsons et les mésanges.