Les cobayes sont sexuellement matures à un jeune âge et peuvent commencer à se reproduire dès l'âge de 2 à 3 mois. Cependant, il est généralement recommandé d'attendre qu'ils aient au moins 4 à 5 mois avant de leur permettre de s'accoupler, car cela leur donne le temps d'atteindre la maturité physique complète et réduit le risque de complications pendant la grossesse.
Les cobayes (truies) femelles ont une période de gestation d'environ 63 à 68 jours et peuvent donner naissance à une litière de 1 à 6 chiots (kits). Ils peuvent redevenir enceintes peu de temps après l'accouchement, mais il est important de leur permettre de se reposer et de se remettre avant de les élever à nouveau.