L'élevage sélectif ne garantit pas que toute la progéniture sera de qualité supérieure. Bien que l'élevage sélectif puisse augmenter la probabilité d'obtenir une progéniture avec les traits souhaités, il n'élimine pas l'influence de la variation génétique et d'autres facteurs qui peuvent affecter le phénotype d'un individu. Certaines progénitures peuvent hériter des traits moins souhaitables ou peuvent être influencés par des facteurs environnementaux qui limitent leur expression des caractéristiques souhaitées. De plus, l'élevage sélectif est limité par la diversité génétique disponible au sein de la population élevé.