Musk a plusieurs ennemis naturels, notamment :
- Coyotes : Les coyotes sont connus pour chasser et tuer les rats musqués pour se nourrir.
- Renards : Les renards sont un autre prédateur qui se nourrit de rats musqués.
- Chouettes : Les hiboux sont des prédateurs nocturnes qui chassent souvent les rats musqués la nuit.
- Serpents : Les serpents, comme le cottonmouth et le mocassin d'eau, peuvent également s'attaquer aux rats musqués.
- Alligators : Les alligators se trouvent dans bon nombre des mêmes zones que les rats musqués et s'en nourrissent souvent.
- Les humains : Les humains sont également un prédateur important des rats musqués, les chassant pour leur fourrure et leur viande.