Les hippocampes ont une façon unique de se déplacer dans l'eau. Ils utilisent leur nageoire dorsale, qui est située sur le dos, pour se propulser vers l'avant. La nageoire dorsale vibre rapidement, créant un mouvement en forme de vague qui pousse le cheval de mer dans l'eau. Les hippocampes peuvent également utiliser leurs nageoires pectorales, qui sont situées sur leur poitrine, pour les aider à diriger et à manœuvrer.
Les hippocampes peuvent également se déplacer dans une position verticale, ce qui est inhabituel pour les poissons. Ils le font en utilisant leur queue, qui est préhensile et peut se recroqueviller autour des objets. Cela leur permet de s'ancrer à des algues ou à des coraux et à se déplacer de haut en bas dans l'eau.
Les hippocampes sont des créatures lents en mouvement lent et se déplacent généralement à une vitesse d'environ 1,5 mile par heure. Cependant, ils sont capables de faire irruption à des vitesses allant jusqu'à 2 miles par heure lorsqu'ils sont menacés ou de chasser la nourriture.