La caractéristique fondamentale utilisée pour classer les organismes en différents royaumes est la nature fondamentale de leur structure cellulaire de base. La classification des systèmes fait la différence entre les organismes procaryotes et eucaryotes selon qu'ils possèdent un noyau lié à la membrane et d'autres organites enclins à la membrane. En conséquence, la division vers les royaumes tourne autour de cette caractéristique organisationnelle critique.