Les hippocampes de Knysna sont endémiques des eaux côtières de l'Afrique du Sud, en particulier à proximité de Knysna et du Cap oriental. On les trouve dans divers habitats marins, tels que les forêts de varech, les herbiers marins et les récifs rocheux. Ces habitats fournissent un abri et des sources de nourriture aux hippocampes, notamment aux petits crustacés et autres zooplanctons. Les hippocampes de Knysna préfèrent les eaux bien oxygénées et préfèrent les profondeurs allant des zones intertidales peu profondes jusqu'à environ 50 mètres. Ils sont relativement sédentaires et ont tendance à rester sur leurs territoires établis.