Le pigment noir ou brun trouvé chez les chevaux s'appelle la mélanine. La mélanine est un pigment responsable de la coloration de la peau, des cheveux et des yeux. Chez les chevaux, la mélanine est produite par des cellules appelées mélanocytes. Les mélanocytes se trouvent dans la peau, les follicules pileux et les tissus oculaires. La quantité de mélanine produite par les mélanocytes détermine la couleur du manteau d'un cheval. Les chevaux avec beaucoup de mélanine auront un manteau noir ou brun, tandis que les chevaux avec moins de mélanine auront un manteau de couleur claire.