Les hippocampes appartiennent à la famille des Syngnathidae, qui comprend également des piles et des dragons de mer. Toutes ces espèces partagent un ancêtre commun avec les sticklebacks, qui sont de petits poissons épineux trouvés dans des environnements marins et d'eau douce. Les Sticklebacks auraient évolué il y a environ 30 millions d'années, et leurs descendants ont finalement donné naissance aux diverses espèces d'hippousses, de poissons de poissons et de dragons de mer qui sont connus aujourd'hui.