L'hippocampe mâle fertilise les œufs en libérant des spermatozoïdes sur eux. Les œufs fécondés sont ensuite transférés dans la pochette de couvée du mâle, où ils sont transportés et protégés jusqu'à l'éclosion. L'hippocampe mâle portera les œufs pendant une période allant jusqu'à plusieurs semaines, selon l'espèce. Pendant ce temps, le mâle fournira de l'oxygène et des nutriments aux œufs et les protégera des prédateurs. Une fois les œufs éclos, les jeunes hippocampes seront libérés dans l'eau.