Il est difficile de déterminer le nombre exact de margays restants dans le monde car ils sont insaisissables et habitent des zones éloignées. Cependant, selon l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), le Margay est classé comme "presque menacé" en raison de la perte et de la chasse de l'habitat.
La population de Margay est estimée en baisse, et on pense qu'il peut y avoir moins de 10 000 individus matures à l'état sauvage.