Les cobayes sont originaires des Andes d'Amérique du Sud , spécifiquement dans les régions du Pérou, de l'Équateur, de la Bolivie et de la Colombie.
Bien qu'ils soient généralement conservés comme animaux de compagnie du monde entier, leur habitat naturel est les prairies à haute altitude et les zones rocheuses de cette chaîne de montagnes.