Les cobayes, malgré leur nom, ne sont pas originaires de Guinée. Ils sont originaires des Andes d'Amérique du Sud , en particulier une région qui englobe des parties du Pérou, de l'Équateur, de la Colombie et de la Bolivie.
Leur nom d'origine était "Cuy" Dans la langue Quechua, la langue parlée par des peuples autochtones dans la région des Andes.
Ils ont été domestiqués par des autochtones pendant des milliers d'années, principalement pour leur viande et leur fourrure. Ils n'ont été amenés en Europe qu'au XVIe siècle par des explorateurs européens, où ils étaient initialement appelés "cavies" en raison de leur ressemblance avec le rongeur sud-américain appelé "cavy". Le nom "cobaye" est probablement venu du fait qu'ils ont été à l'origine exportés de Guinée, en Afrique de l'Ouest, bien qu'ils n'y aient jamais été originaires.