Les cobayes ont une courte période de gestation, généralement environ 59 à 72 jours. Après leur première grossesse, ils peuvent se lancer dans le travail toutes les quelques semaines, chaque litière avec une moyenne d'environ 1 à 8 bébés. Les cobayes peuvent donner naissance à plusieurs portées par an, certaines femmes produisant jusqu'à 5 portées en un an. Il est important de noter que les femelles cobayes peuvent redevenir enceintes alors qu'elles soignent encore une litière actuelle, il est donc crucial de séparer les hommes et les femmes à moins que la reproduction ne soit destinée.