Perte d'habitat : L'habitat du lapin des Lower Keys disparaît rapidement en raison des activités humaines telles que le développement urbain, l'agriculture et le tourisme. Cette perte d'habitat fragmente la population de lapins, la rendant plus vulnérable à la prédation et aux maladies.
Chasse : Le lapin des Lower Keys était autrefois chassé pour sa nourriture et sa fourrure, et même s'il est désormais officiellement protégé, une certaine chasse illégale a toujours lieu.
Maladie : Le lapin des Lower Keys est sensible à diverses maladies, notamment la tularémie, qui est une maladie bactérienne qui peut être mortelle pour les lapins. La tularémie se propage par les tiques et l'habitat du lapin des Lower Keys abrite de nombreuses tiques.
Prédation : Le lapin des Lower Keys est la proie d'une variété d'animaux, notamment des serpents, des hiboux et des faucons. L'introduction de prédateurs non indigènes, tels que les chats, a également contribué au déclin du lapin des Lower Keys.
Changement climatique : Le changement climatique constitue également une menace majeure pour le lapin des Lower Keys. La hausse du niveau de la mer inonde l'habitat du lapin et des événements météorologiques plus extrêmes, tels que les ouragans, détruisent sa nourriture et son abri.