Les ongles des cobayes peuvent être coupés par un vétérinaire, un toiletteur professionnel ou par le propriétaire de l'animal lui-même. Lors de la coupe des ongles, il est important d'utiliser des coupe-ongles pointues conçus pour les petits animaux. Les ongles doivent être coupés rapidement et soigneusement, en évitant le rapide, qui est la partie rose et charnu de l'ongle. Si le rapide est coupé, il peut saigner et être douloureux pour le cobaye.