Perte et fragmentation de l'habitat : Les troglodytes des carex dépendent des prairies de carex et des prairies humides pour se reproduire et nidifier. Cependant, ces habitats sont perdus et fragmentés en raison des activités humaines telles que l'agriculture, le développement et le pâturage.
Utilisation de pesticides : Les pesticides utilisés en agriculture peuvent tuer les troglodytes des carex et leurs sources de nourriture, comme les insectes et les graines.
Changement climatique : Le changement climatique entraîne des changements dans le moment de la fonte des neiges printanière et dans la fréquence des événements météorologiques extrêmes, ce qui peut perturber la reproduction et la nidification du troglodyte des carex.
Prédateurs du nid : Les nids de troglodytes de carex sont vulnérables à la prédation par les serpents, les rongeurs et d'autres animaux. La prédation des nids peut être exacerbée par la fragmentation de l'habitat et la perte des prédateurs naturels qui les contrôlent.