La sélection naturelle fait les deux. Comme il favorise certains allèles, il réduit la variabilité en provoquant que les gènes avec ces allèles reproduiront les gènes sans.
D'un autre côté, car il se produit indépendamment à de nombreux locus, la sélection naturelle augmentera également l'hétérozygotie (ou la diversité des allèles), augmentant ainsi la variation au niveau des espèces des gènes qui permet à son tour la population de mieux s'adapter à l'Evireonment changeant.