La truite respire à travers ses branchies. Les branchies sont des organes spécialisés qui extraient de l'oxygène de l'eau. Ils sont situés de chaque côté de la tête de la truite et sont constitués de filaments minces et plumes. Chaque filament est recouvert de minuscules vaisseaux sanguins, qui absorbent l'oxygène de l'eau. Alors que la truite respire, il tire de l'eau dans sa bouche et le passe au-dessus de ses branchies. L'oxygène dans l'eau est absorbé par les vaisseaux sanguins dans les branchies, et l'eau est ensuite expulsée à travers les fentes des branchies de la truite. Les branchies de la truite sont très efficaces pour extraire l'oxygène de l'eau, et ils permettent à la truite de respirer même dans des environnements relativement faibles en oxygène.