Le saumon respire sous l'eau de la même manière que les autres poissons :par leurs branchies. Les branchies sont des structures plumeuses situées sur les côtés de la tête d'un poisson. Ils sont composés de minces filaments recouverts de minuscules vaisseaux sanguins. Lorsque l'eau passe sur les branchies, les vaisseaux sanguins absorbent l'oxygène de l'eau et libèrent du dioxyde de carbone. Ce processus est similaire à la façon dont les mammifères respirent de l'air, sauf que les mammifères utilisent leurs poumons pour absorber l'oxygène et libérer du dioxyde de carbone.