Les manchots aux yeux jaunes nagent en utilisant leurs ailes comme nageoires. Ils battent des ailes sous l'eau pour se propulser dans l'eau. Leurs pieds sont utilisés pour la direction et l’équilibre. Les manchots aux yeux jaunes sont d'excellents nageurs et peuvent atteindre des vitesses allant jusqu'à 20 milles à l'heure.