Le principal déchet des bactéries est le dioxyde de carbone. Les bactéries produisent du dioxyde de carbone à la suite de la respiration cellulaire, le processus par lequel les bactéries convertissent le glucose en énergie. Outre le dioxyde de carbone, les bactéries produisent également d'autres déchets tels que l'eau, la chaleur et l'ammoniac.