Tous les différents taxons ne sont pas de vrais clades. Un clade est un groupe monophylétique, ce qui signifie qu'il comprend un ancêtre et tous ses descendants. Tous les taxons sont des groupes d'organismes, mais tous ne sont pas monophylétiques. Certains taxons sont paraphylétiques, ce qui signifie qu'ils incluent un ancêtre et certains, mais pas tous, de ses descendants. Les autres taxons sont polyphylétiques, ce qui signifie qu'ils comprennent des organismes de plusieurs ancêtres différents.
Par exemple, le taxon "mammifères" est un véritable clade. Il comprend l'ancêtre de tous les mammifères et tous ses descendants. Le taxon "Reptiles" est un groupe paraphylétique. Il comprend l'ancêtre de tous les reptiles et certains, mais pas tous, de ses descendants. Les oiseaux sont exclus de ce groupe, même s'ils ont évolué des ancêtres reptiliens. Le taxon "invertébrés" est un groupe polyphylétique. Il comprend des organismes de plusieurs ancêtres différents. Il comprend tous les animaux qui ne sont pas des vertébrés.
Il est important de faire la distinction entre les taxons monophylétiques, paraphylétiques et polyphylétiques car ils ont des implications différentes pour notre compréhension de l'histoire évolutive. Les taxons monophylétiques représentent des groupes d'organismes qui partagent un ancêtre commun et ont une histoire évolutive unique. Les taxons paraphylétiques et polyphylétiques ne représentent pas des groupes d'organismes qui partagent un ancêtre commun et ont une histoire évolutive unique.