Les hippocampes pygmées sont carnivores et se nourrir principalement de zooplankton . Cela comprend:
* copépodes: Petits crustacés qui sont une source de nourriture courante pour de nombreux animaux marins.
* amphipodes: Un autre type de petite crustacé.
* larves: Les jeunes formes d'autres invertébrés marins.
Ils utilisent leurs museaux longs pour aspirer ces minuscules créatures de l'eau. Ils sont des mangeurs très pointilleux et se spécialisent souvent dans l'alimentation de certains types de zooplancton, selon leur habitat et la disponibilité de nourriture.
Il convient de noter que les hippocampes pygmées sont extrêmement petites (souvent moins d'un pouce de long) et vivent en association étroite avec des types spécifiques de corail, ce qui rend difficile d'étudier leur alimentation en détail.