Les origines exactes des baleines font toujours l'objet d'une recherche en cours et d'une enquête scientifique. Cependant, le consensus actuel parmi les paléontologues et les biologistes évolutionnaires est que les baleines ont évolué à partir d'ancêtres terrestres, en particulier à partir d'un groupe de mammifères sabotés appelés mésonychiens.
Les Mésonychiens étaient un groupe diversifié de mammifères carnivorers qui vivaient pendant l'époque de l'Éocène, il y a environ 50 à 34 millions d'années. Ces animaux habitaient les forêts et étaient en apparence quelque peu similaire aux loups ou aux ours modernes, avec des corps longs et des membres relativement courts.
Au fil du temps, certains Mésonychiens ont commencé à s'adapter à un mode de vie semi-aquatique, peut-être en raison de l'abondance des ressources alimentaires dans les environnements aquatiques. Alors qu'ils passaient plus de temps dans l'eau, leurs membres ont progressivement modifié pour devenir plus semblable à une pagaie, et leur corps s'est rationalisé. Leurs dents se sont également transformées, devenant plus adaptées à la capture et à la consommation de poissons et d'autres proies aquatiques.
Au fur et à mesure que ces adaptations se poursuivaient, certains Mésonychiens sont passés en créatures entièrement aquatiques, ce qui a finalement donné naissance aux divers groupes de baleines, de dauphins et de marsouins que nous voyons aujourd'hui. Ce processus évolutif est connu sous le nom de cétacéanisation.
Il est important de noter que les relations évolutives exactes entre différents groupes cétacées sont toujours à l'étude, et certains aspects des origines des baleines restent sujets de débat et une enquête plus approfondie. Cependant, la compréhension générale est que les baleines ont évolué à partir de Mésonychiens vivant en terres à travers une série d'adaptations et de transitions progressives sur des millions d'années.