Le niveau trophique des joints de harpe est d'environ 4,5. Les sceaux de harpe sont des carnivores et se nourrissent principalement de poissons, comme la morue, le capel et le hareng. Ils consomment également des crustacés, comme les crevettes et le krill. Les sceaux de harpe sont pratiques par les ours polaires, les orques et les requins du Groenland.