Les crocodiles du Nil se trouvent dans un large éventail d'habitats d'eau douce, y compris les rivières, les lacs, les marécages et les marais. Ils préfèrent les eaux peu profondes avec une végétation dense, qui leur offre une couverture pour la chasse et la protection contre les prédateurs. Les crocodiles du Nil peuvent également être trouvés dans des habitats d'eau saumâtres tels que les estuaires et les lagons côtiers.