Le concept des espèces morphologiques a plusieurs limites, dont l'une est qu'elle ne peut pas être appliquée aux organismes qui se reproduisent asexuellement. En effet, les organismes asexués n'ont pas deux sexes distincts et n'ont donc pas les mêmes barrières de reproduction qui séparent les espèces sexuelles. En conséquence, il peut être difficile de déterminer ce qui constitue une espèce dans les organismes asexués, et le concept des espèces morphologiques n'est pas toujours un outil utile dans ce contexte.