Les habitats d'alligator varient en fonction de l'espèce.
* American Alligator: Trouvé dans des habitats d'eau douce, comme les marécages, les rivières, les lacs et les marais, dans le sud-est des États-Unis, notamment en Floride, en Géorgie, en Alabama, au Mississippi, en Louisiane et au Texas.
* Alligator chinois: Originaire d'habitats d'eau douce dans l'est de la Chine, en particulier dans le bassin de la rivière Yangtze, y compris dans les provinces de Jiangsu, Anhui, Zhejiang et Jiangxi.
* Caiman noir: Habite les zones humides d'eau douce, les rivières et les lacs en Amérique du Sud, notamment le Brésil, la Colombie, le Venezuela, le Pérou, l'Équateur, la Bolivie et le Paraguay.
* Crocodile américain: Trouvé dans les zones humides côtières, les rivières et les estuaires dans le nord, le centre et l'Amérique du Sud, allant de la Floride et des Caraïbes au Mexique, en Amérique centrale et au nord-ouest de l'Amérique du Sud.
* Crocodile d'eau salée: Trouvé dans les habitats côtiers, notamment les estuaires, les mangroves, les rivières et l'eau saumâtre, en Asie du Sud-Est et au nord de l'Australie.
Les alligators préfèrent les eaux peu profondes avec beaucoup de végétation à couvert, et ils construisent des nids sur les rives des rivières ou des lacs. Ils sont semi-aquatiques et peuvent passer de longues périodes dans l'eau, mais ils se prélassent également au soleil sur terre.