1. Perte de l'habitat
Le facteur le plus important contribuant à la mise en danger du loup mexicain est la perte d'habitat. Cela est dû en grande partie à la conversion des habitats naturels en zones agricoles et urbaines. En conséquence, les loups mexicains ont perdu accès à leur base de proies naturelles et à des sites de déning appropriés.
2. Chasse et piégeage
Historiquement, les loups mexicains ont été chassés et piégés pour leur fourrure et comme moyen de contrôle des prédateurs. Ce meurtre aveugle de loups a encore réduit leurs populations.
3. hybridation
Les loups mexicains sont étroitement liés aux coyotes, et l'inhabituel entre les deux espèces a été documentée. L'hybridation peut conduire à la dilution de l'intégrité génétique du loup mexicain et à une perte d'adaptations uniques qui sont essentielles à la survie dans leur environnement naturel.